自由裁量权绝对不受司法权制约的话，那么绝对的权力绝对的滥用。因此，法院对行政行为合理性的适当干预是必要的。《若干解释》该项产际上赋予了法院在审查行政行为合法性的同时，对合理性也应该有审查的权力，只是处理的方式不同而已。对于合法性问题，法院有多种判决方式可以选择；而对于合理性问题，只有在行政行为合法但不合理的情况下，法院才对合理性作出判决，即因行政行为不合理而驳回原告的诉讼请求。如果行政行为不合法，当然就不会有合理性，也就没有必要对合理性作出判决。
(二)司法实践中，行政行为合法但不合理的情况时有发生，如依据行政诉讼法的规定，这种情况下，法院只能判决维持被告的具体行政行为。这将产生很多麻烦：第一，既然行政行为不合理，法院却判决维持，实际上是以司法的权威维持不合理，那么司法的公正性何在?第二，一旦不合理的行政行为被司法机关判决维持，鉴于司法判决的既判力，行政机关便失去了以后改正其不合理行为的机会。第三，不合理的行政行为被判决维持，就可以推定其是正确的，由于行政行为具有既定力和公定力，将给以后其他行政机关或法院在处理与该案有关的案件或处理类似问题时带来麻烦，可能会引起行政行为或判决之间的冲突。但另一方面，法院又无权因行政行为不合理而判决撤销，否则将违背了我国行政诉讼法合法性审查的基本原则。基于以上原因，《若干解释》新设了驳回判决的方式，从而巧妙地避免了这种麻烦。法院判决驳回原告的诉讼请求，并没说行政行为是正确的，因此行政机关可以事后修正。但是，该项的规定也有遗憾，对于不合理的行政行为，通过驳回请求而终结诉讼，实际上法院并没有完全解决当事人之间的纠纷，对原告的救济是不充分的。本案中，原告的建设项目应向被告提出申请，但却只向第三人提出，而没有依法向被告提出，因此原告的行为违法，被告依法对其处罚是合法的。但是，另一方面，原告已经向第三人提出了申请并获得了许可，就第三人行政行为的效力而言，原告并不知道第三人没有此项职权还必须另向被告提出申请，因此原告并不存在违法的故意；由于相关法律、法规对航道的管辖权规定不明确，造成被告与第三人对法律、法规的适用不同，并由此导致原告违法从情理而言原告是无辜的；原告的建设项目虽缺少一定的审批手续，但对航道分定与排水畅通，防洪、泄洪等有利而无弊。从以上分析可以看出，被告对原告处罚2万元是不合乎情理的，但是原告的行为虽合理但不合法，被告对其处罚并未违反法律。所以，法院依据《若干解释》第五十六条第二项规定驳回原告的诉讼请求是正确的。
(三)《若干解释》第五十六条第二项规定行政行为合法但不合理时，法院应判决驳回。但是，《行政诉讼法》第五十四条第四项则规定行政处罚显失公正时，法院应判决变更，而且该项被理论界认为是我国行政诉讼中进行合理性审查的典型。如何解决《若干解释》与行政诉讼法这两项的规定之间的冲突，学者有不同的主张。有学者认为，《行政诉讼法)中规定的“显失公iE"是指严重不合理的情形，虽然尚未超出法定的行为幅度，但违反了基本公正的法律原则，已接近“违法”严重不合理在理论上就构成违法。而《若干解释》该项所指的是非严重不合理的情形。因此，并不存在冲突。另有学者认为，《行政诉讼法}第五十四条规定的滥用职权、显失公正等情形，从立法者的角度看，其本身就不是一个合理性问题，而是一个不合法的问题。而且这与行政诉讼的合法性审查原则也是一致的。我们认为，《若干解释》实际上把显失公正视为违法，因此，该两个法条之间并不冲突。但是，司法解释这样处理的合理性不是不可怀疑的：一方面，法院可以变更显失公正的行政处罚，已普遍被认为是合法性审查原则的例外，另一方面，合法性与合理性的划分标准很难确定，司法对行政行为合理性的审查已是一个发展趋势。
(四)其他需要说明的问题。行政机关在行使自由裁量权时，是基于行政机关自己的专业知识、实践经验以及自己对具体事实的理解，而法院在审查被诉行政行为的合理性时是基于自己的理解，因此行政行为很容易被法院认定为存在合理性问题；而且行政行为在很多情况下，都或多或少的存在不同程度的合理性问题。因此，如果依据《若干解释》第五十六条第(二)项的规定，一旦法院认为行政行为合法但不合
理便判决驳回，那么一方面会导致驳回判决的大量使用，另一方面由于合法性与合理性本来很难明确区分，从而导致法院迫于行政机关的压力可能将很多合法性问题当作合理性问题判决驳回，导致驳回判决的滥用。
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